Vatikāna muzeji (latīņu: Musea Vaticana, itāļu: Musei Vaticani) ir 1506. gadā dibināts mākslas muzeju komplekss, kas atrodas Vatikāna teritorijā. Muzejā izstādīti mākslas darbi no Romas pāvestu gadsimtiem veidotās kolekcijas. Šeit atrodas vairāki no vispazīstamākajiem antīkās tēlniecības un renesanses laika darbiem. Muzeju kolekcijā ir apmēram 70 000 darbu, no kuriem 20 000 ir publiski izstādīti. Kolenkcija izstādīta 54 galerijās jeb zālēs. Muzeju kompleksā ietlpst arī Mikelandželo veidotā Siksta kapela un Rafaēla veidotās Rafaēla stancas.
2017. gadā muzejus apmeklēja apmēram 6,5 miljoni cilvēku un tas bija 4. apmeklētākais muzejs pasaulē.